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1、分离制的优点是行政组织各机构权力相互制约，利于防止行政权力膨胀和行政首长个人专断；事权较为分散，可发挥多方面的积极性；分担工作重负；独立分离的行政组织各有自主权，便于相互竞争，便于发挥各自的主动性和创造性。
2、缺点是事权分散,容易政出多门,各自为政或统属不清，责任不明，亦容易出现互相推诿和扯皮现象；各机构横向沟通困难，可能导致组织意见分歧、利益冲突；机构设置不当还会造成机构重叠，浪费人力和经费。
3、行政组织实行分离制往往是相对的，大多是以加强行政监督、下放权力为目的，以弥补完整制的不足。
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